Diese Diplomarbeit befasst sich mit dem Thema Analyse der Oberflächenstruktur von Proteinen auf moderner Grafikhardware. Das Ziel der Diplomarbeit war es die technische Machbarkeit des interaktiven Umgangs mit zeitabhängigen Datensätzen aus Molekulardynamik-Simulationen zu zeigen. Es wurde ein Verfahren entwickelt, um aus Volumendaten ein Dreiecksnetz zu extrahieren, Komponenten zu erkennen, diese über Zeit zu korrelieren und Ereignisse mit zeitlichem Bezug, wie Amalgamieren und Aufspalten, zu erkennen. Die Implementierung erfolgte mittels NVIDIAs CUDA-Technologie. Anschließend wurde das Leistungsverhalten des Verfahrens untersucht und so der Beweis erbracht, dass der interaktive Umgang mit zeitabhängigen Proteindaten machbar ist.