In zunehmendem Maße werden reale Experimente in den Natur- und Biowissenschaften durch Computersimulationen ersetzt. Diese Vorgehensweise wird auch bei Protein-Lösungsmittel-Systemen angewandt. In der Analyse dieser spielt die Wechselwirkung zwischen Protein und Lösungsmittel eine zentrale Rolle. Diese Wechselwirkung hängt von verschiedenen Parametern ab.

Um diese Analyse zu vereinfachen wurden in dieser Arbeit verschiedene Filter entwickelt mit denen es möglich ist das Lösungsmittel nach spezifischen Parametern, wie zum Beispiel Abstand oder Ladung zu filtern. Dabei wurden Algorithmen verwendet die für eine interaktive Visualisierung und für Systeme mit großen Teilchenzahlen geeignet sind.

Zur weiteren Unterstützung der interaktiven Analyse durch den Benutzer wurde die Möglichkeit geschaffen bestimmte Eigenschaften der Lösungsmittelatome, wie zum Beispiel die Ladung, durch verschiedene Färbungsmethoden hervorzuheben und dem Nutzer damit einen direkten Vergleich der Eigenschaften von Atomen zu erlauben.