Die für viele Analysen und Verfahren wichtige Fourier-Transformation ist in der praktischen Anwendung etlichen Begrenzungen unterworfen. Es gilt Abwägungen zwischen Geschwindigkeit, Genauigkeit, Speicherverbrauch zu praktiabler Transformationslänge und Wertebereiche machen. Als Basis für weitere Anwendungen wie der Faltung oder der Korrelation können beide Konzepte der Fourier-Transformation, die DFT und die NTT, benutzt werden. Da man in einer FPGA-Implementierung häufig gehalten ist, mit einer Festkomma-Arithmetik zu arbeiten, sind hier der Genauigkeit der FFT zusätzliche Grenzen gesetzt. Die FFT ist jedoch im Vergleich zur FNTT im Bezug auf die Transformationslänge deutlich flexibler. Außerdem fehlt der FNTT der direkte Bezug zu einem Frequenzspektrum im physikalischen Sinn.